Pada tahun 1914 Perang Dunia I baru dimulai, seorang ibu muda bernama Ny. Lie Tjian Tjoen (Auw Tjoei Lan) berinisiatif mendirikan Perkoempoelan Ati Soetji, sebuah lembaga sosial yang bertujuan menolong anak perempuan yang diperjualbelikan. Dalam perkembangan selanjutnya, rumah ini menjadi panti asuhan bagi anak-anak perempuan agar mereka memiliki masa depan yang lebih baik.

Pada tanggal 30 November 1929 sebuah rumah didirikan di daerah Kebon Sirih sebagai tempat tinggal untuk menampung anak-anak perempuan tersebut. Rumah perlindungan ini dapat menampung hingga 200 anak. Sekarang jalan di depan bangunan ini dikenal dengan nama Jalan Hati Suci.

Seiring dengan program pengasuhan di Hati Suci, pada tahun 1952 didirikan TK dan SD Hati Suci sebagai realisasi pemenuhan kebutuhan pendidikan formal bagi anak-anak asuh yang tinggal di Hati Suci.

Dalam perjalanannya, sekolah ini yang awalnya untuk memenuhi kebutuhan pendidikan anak-anak perempuan yang kita asuh, berkembang menjadi salah satu sekolah favorit di kota ini sehingga anak-anak perempuan di Hati Suci memperoleh pendidikan yang sangat baik.

Pada tahun 2014, Yayasan Hati Suci genap berusia 100 tahun. Momen ini dipakai oleh Ibu Maria Franciska Setiati, penerus dari Ny. Lie Tjian Tjoen, untuk mengganti nama Panti Asuhan Hati Suci menjadi Rumah Hati Suci agar anak-anak merasa seperti tinggal di rumah sendiri. Sampai sekarang kita tetap konsisten untuk terus menghidupi semangat Ny. Lie Tjian Tjoen dalam melindungi anak-anak perempuan yang terlantar.